故事发生在1948年，特别调查局要员俞北平（陈建斌饰）被上级调往青城，奉命调查发生在那里的命案，可实际上，俞北平的真实身份正遭到上级的调查和怀疑，他时时刻刻都处于危险之中。在青城，俞北平遇见了名为林莎

清朝顺治十八年，天花在皇宫蔓延，顺治帝的董爱妃因此一命呜呼，顺治因痛不欲生而决意出家。此时，清帝国充满了内隐外忧。危急之际，孝庄太后（斯琴高娃饰）当机立断，将得了天花初愈的年仅八岁的皇子玄烨力推为皇室

公元1582年(万历十年)夏天的北京，怪事与奇案叠起。先是大明内库储银不翼而飞，从各地府县运来的大宗税银突然不知去向，国家铸银局的熔银大炉也因无银可铸而被迫停炉；接着便是被送入诏狱的两个江洋大盗神秘越